Bioconductor 软件仓库镜像使用帮助

Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本，并有活跃的用户社区。

Bioconductor 镜像源配置文件之一是 ~/.Rprofile。

注：R 的 ~ 在类 Unix 系统下为：$HOME（即 ~），在 Windows 下为：%USERPROFILE%\Documents，具体路径可以在 R 中执行 path.expand("~") 查看。

在文末添加如下语句或在 R/RStudio 终端下键入：

options(BioC_mirror="https://(Loading...)")

即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。命令如下：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package_name")

如果您只能访问内网镜像站，在完成下列步骤后，依然可以正常使用 Bioconductor 镜像。

确保 BiocManager 的版本不低于 1.30.12。
使用一台可以访问公网的设备，访问 https://bioconductor.org/config.yaml 下载 config.yaml，并将该文件拷贝到 BiocManager 所在的内网设备上。然后，在 ~/.Rprofile 添加如下配置：

options(
    BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"  # config.yaml 所在的路径
)

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